Unificação no Portal Nacional de Emissão de Notas Fiscais de Serviço: o que muda para médicos e prestadores de saúde

A Reforma Tributária já está em curso no Brasil e, antes mesmo de sua implementação completa, o governo vem adotando medidas estruturais para preparar contribuintes e entes públicos para esse novo cenário. Uma das principais mudanças é a unificação da emissão de Notas Fiscais de Serviço (NFS-e) por meio do Portal Nacional.

Essa iniciativa altera de forma significativa a maneira como empresas e profissionais autônomos prestadores de serviço, especialmente médicos, clínicas e consultórios que emitem suas notas fiscais, exigindo atenção e adaptação desde já.

‍O que é o Portal Nacional de Emissão de NFS-e?

O Portal Nacional de Emissão de Notas Fiscais de Serviço Eletrônica (NFS-e) foi criado com o objetivo de padronizar e centralizar a emissão de notas fiscais de serviço em todo o território nacional.

Antes dessa mudança, cada município possuía seu próprio sistema de emissão, com regras, layouts, cadastros e exigências distintas. Na prática, isso gerava diversos problemas para o prestador de serviço, como:

• Dificuldade para quem atua em mais de um município;
  
  
• Insegurança quanto ao correto cumprimento das obrigações fiscais;
  
  
• Retrabalho operacional e maior risco de erros e inconsistências.
  
  

Com o Portal Nacional, a emissão da NFS-e passa a seguir um padrão único de informações, validações e autorizações, reduzindo a complexidade e aumentando a integração entre os fiscos municipal, estadual e federal.

Onde o médico deve emitir a nota fiscal agora?

Essa é uma das dúvidas mais comuns, e a resposta é: depende do município.

A adesão ao Portal Nacional ocorre de forma gradual. Alguns municípios já utilizam exclusivamente o sistema nacional, enquanto outros ainda mantêm seus portais próprios durante o período de transição.

Por isso, o local correto de emissão da NFS-e pode variar conforme:

• O município do estabelecimento;
  
  
• O estágio de integração da prefeitura ao portal nacional.
  
  

Emitir a nota no sistema incorreto pode gerar inconsistências fiscais, mesmo que o serviço tenha sido efetivamente prestado.

➞ Nesse ponto, é fundamental que o médico valide com seu contador qual é o sistema correto de emissão no seu município e se o enquadramento fiscal utilizado está adequado à sua realidade atual.

Qual a relação entre o Portal Nacional e a Reforma Tributária?

A criação do Portal Nacional está diretamente ligada à Reforma Tributária, que prevê a substituição de diversos tributos atuais por dois novos impostos:

• CBS (Contribuição sobre Bens e Serviços) – de competência federal;
  
  
• IBS (Imposto sobre Bens e Serviços) – de competência estadual e municipal.
  
  

Esses tributos seguem o modelo de Imposto sobre Valor Agregado (IVA).

Nesse sistema, a correta apuração e compensação de créditos depende de informações fiscais padronizadas, completas e centralizadas.

Exatamente o papel do portal nacional.

O que muda na prática com o IBS e a CBS?

Com a nova lógica tributária, as notas fiscais precisarão trazer, de forma estruturada, o destaque da CBS e do IBS.

Isso permitirá:

• O correto recolhimento dos tributos;
  
  
• A fiscalização integrada pelos entes federativos;
  
  
• O aproveitamento de créditos ao longo da cadeia de serviços.
  
  

Ou seja, a nota fiscal deixa de ser apenas um documento operacional e passa a ter um papel ainda mais estratégico na gestão tributária.

Quais documentos fiscais serão impactados?

Com a implementação do novo sistema tributário, diversos documentos fiscais eletrônicos passarão a exigir destaque da CBS e do IBS, conforme regras e Notas Técnicas específicas, entre eles:

• NF-e – Nota Fiscal Eletrônica;
  
  
• NFC-e – Nota Fiscal de Consumidor Eletrônica;
  
  
• CT-e – Conhecimento de Transporte Eletrônico;
  
  
• CT-e OS – Conhecimento de Transporte Eletrônico – Outros Serviços;
  
  
• NFS-e – Nota Fiscal de Serviço Eletrônica;
  
  
• NFS-e Via – Nota Fiscal de Serviço Eletrônica de Exploração de Via;
  
  
• NFCom – Nota Fiscal Fatura de Serviços de Comunicação Eletrônica;
  
  
• NF3e – Nota Fiscal de Energia Elétrica Eletrônica;
  
  
• BP-e – Bilhete de Passagem Eletrônico;
  
  
• BP-e TM – Bilhete de Passagem Eletrônico – Transporte Metropolitano.
  
  

O correto enquadramento, preenchimento e transmissão desses documentos será essencial para evitar falhas fiscais.

E se o sistema estiver fora do ar ou indisponível?

Durante a fase de adaptação e integração dos sistemas, é importante observar um ponto relevante:

O contribuinte não será considerado em descumprimento de obrigação acessória, caso esteja impossibilitado de emitir documentos fiscais eletrônicos por responsabilidade exclusiva do ente federativo.

Esse cenário pode ocorrer devido a instabilidades técnicas, falhas de integração ou indisponibilidade temporária dos sistemas municipais ou do portal nacional.

Ainda assim, é fundamental manter registros, acompanhar comunicados oficiais e contar com orientação especializada para evitar problemas futuros.

O que médicos e clínicas precisam entender desde já

A unificação do Portal de Emissão de Notas Fiscais representa um avanço importante na modernização do sistema fiscal brasileiro, mas também impõe novos desafios para o dia a dia do médico.

Passa a ser essencial compreender:

• Onde a nota fiscal deve ser emitida (portal municipal ou nacional);
  
  
• Como preencher corretamente as informações fiscais;
  
  
• Quais tributos devem ser destacados em cada situação.
  

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Mais do que uma mudança operacional, trata-se de uma decisão estratégica de gestão fiscal, especialmente diante das transformações profundas que a Reforma Tributária trará nos próximos anos.

Planejamento, informação e suporte especializado serão fatores determinantes para atravessar esse processo com segurança, conformidade e previsibilidade.

Precisa de orientação sobre como essas mudanças impactam a sua prática médica ou clínica?

A adaptação ao Portal Nacional de Emissão e às novas regras da Reforma Tributária exige acompanhamento técnico e decisões bem estruturadas.

Diante dessas mudanças, o primeiro passo é verificar com o seu contador se os dados cadastrais estão atualizados, se o sistema de emissão utilizado é o correto para o seu município e se a emissão das notas fiscais está sendo realizada de forma segura e conforme as regras atuais.

Caso você seja cliente da Amigo e ainda tenha dúvidas após essa validação, nossa equipe está à disposição para orientar e apoiar você nesse processo, garantindo mais segurança e previsibilidade na sua gestão fiscal.

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A complexidade da gestão de um negócio na área de saúde somada à complexidade tributária do Brasil proporciona uma experiência cada vez mais difícil para médicos e gestores de clínicas e consultórios. Manter as finanças organizadas, planejar todas as operações diárias da clínica, atrair e fidelizar clientes têm sido um trabalho multifacetado e atravessado por desafios que exigem ações estratégicas e auxílio de ferramentas para otimizar a rotina.

Principais dificuldades financeiras enfrentadas por clínicas brasileiras

O segmento de clínicas médicas está em constante crescimento no Brasil, muito pelo fato de a saúde ser um bem de primeira necessidade, mas principalmente por demandas cada vez mais variadas de procedimentos, que acompanham a evolução das tecnologias e das formas de atendimento. Atualmente, são 291.362 clínicas privadas registradas nos seguintes CNAEs (Classificação Nacional de Atividades Econômicas):

8630-5/01: Atividade Ambulatorial com recursos para realização de procedimentos cirúrgicos;

8630-5/01: Atividade médica ambulatorial com recursos para a realização de exames complementares;

8630-5/01: Atividade médica ambulatorial restrita a consultas como atividade principal.

A partir de tais classificações, é importante destacar que a atividade está presente em 100% dos municípios brasileiros. São Paulo é o estado que mais possui clínicas (80.255), seguido por Minas Gerais (30.412) e Rio de Janeiro (26.979). As microempresas dominam o espectro de clínicas brasileiras, sendo 64,09% do total, enquanto empresas de pequeno porte representam 17,06% e médias e grandes empresas somam 16,8%. 

A taxa de mortalidade das clínicas é de 12,36% ao ano. Apesar do grande volume de empreendimentos, o setor não pode ser considerado estabelecido, já que a maturidade, índice que considera empresas estabelecidas com 3,5 anos ou mais, é de 58,99%, o que corresponde a 154.741 clínicas. Já 37% das clínicas (105.870) possuem entre 1 e 3 anos, e outros 3,1% (8790) são empresas nascentes, com menos de 1 ano de atividade.

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Segundo o Relatório Focus, a recuperação gradual da economia brasileira traz impactos positivos para o setor de saúde privado. Clínicas se valem das demandas cada vez mais específicas e são impulsionadas pelo envelhecimento da população e crescimento da classe média. Apesar disso, encontram um sistema tributário complexo e pesado para os serviços na área de saúde.

Alguns fatores se destacam como desafios comuns para a gestão financeira de clínicas médicas, impactando sua operação e sustentabilidade:

Custos operacionais elevados: o funcionamento de uma clínica passa pelo pagamento de salários e benefícios de profissionais especializados (médicos, enfermeiros, administradores). Além disso, há custos com equipamentos médicos, que normalmente são caros e que devem passar por manutenções periódicas ou substituição quando acontecem inovações na área.

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Tributação e Burocracia

O sistema tributário brasileiro passou por reforma importante recentemente, mas ainda é bastante complexo e pode ser cruel para muitas clínicas. Impostos como o ISS (Imposto sobre Serviços), ICMS (Imposto sobre Circulação de Mercadorias e Serviços) e PIS/COFINS (Programas de Integração Social e de Formação do Patrimônio do Servidor Público) tornam elevada a carga tributária, fazendo com que muitas empresas atravessem problemas fiscais. Além da tributação, há esforços de tempo e recursos para atendimento às regulamentações sanitárias e todas as exigências legais referentes ao segmento.

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Gestão financeira

Muitas clínicas brasileiras não realizam planejamento financeiro e orçamentário adequado ao negócio. Não ter um controle dos fluxos de caixa ou usar recursos de forma não estratégica pode trazer problemas de faturamento para a clínica. Outro ponto que merece atenção é a inadimplência, tanto por parte dos pacientes, quanto por dificuldades no faturamento de serviços prestados por meio de convênios e seguradoras.

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Investimentos e crédito

Taxas de juros elevadas e a exigência de garantias podem representar um obstáculo para que clínicas consigam recursos para investimentos, o que contribui para a expansão ou melhoria do negócio.

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Concorrência

O volume de clínicas, sobretudo privadas, demanda investimentos contínuos em marketing para atrair e fidelizar clientes, além de custos para a garantia da qualidade ao longo de toda a jornada do paciente. Um dos grandes desafios nesse sentido é conseguir equilibrar a qualidade do atendimento com a eficiência operacional. Só dessa forma o negócio se torna viável e sustentável.

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Carga tributária aplicada a serviços de saúde

Clínicas médicas podem se enquadrar em três regimes tributários distintos: o Simples Nacional, o Lucro Real e o Lucro Presumido. A carga tributária pode variar de 6% a 30,5%. Quando o faturamento é abaixo de R$4,8 milhões, as clínicas podem utilizar o Simples Nacional, que faz a arrecadação através do DAS (Documento de Arrecadação do Simples Nacional), com recursos distribuídos para União, Estados e Municípios. A carga tributária está normalmente entre 14% e 15%.

No regime de Lucro Presumido, empresas médicas têm carga tributária variando entre 13,33% e 16,33%, com faturamento anual de até R$78 milhões. Neste regime, o recolhimento utiliza várias guias, incluindo PIS, COFINS, CSLL, IRPJ, destinados à União, e ISS, que varia conforme o município onde acontece a prestação de serviços. 

O Lucro real, obrigatório para empresas que faturam anualmente mais de R$78 milhões, promove o cálculo de tributos por confronto, incidindo o IRPJ e CSLL sobre o lucro líquido. No regime, cada imposto se utiliza de uma guia específica e é fundamental atentar para obrigações acessórias, como Sped Contábil, LALUR, Inventário e ECF.

Segundo a Lei 9249/1995, clínicas que optam pelo regime do Lucro Presumido ficam sujeitas à tributação do Imposto de Renda (IFPJ) e da Contribuição Social (CSLL), com base de cálculo de 32% sobre a receita bruta do trimestre. É desconhecido por muitos gestores que estabelecimentos com esse perfil podem se enquadrar em atividades equiparadas aos hospitais, considerando as práticas relacionadas à saúde. Com isso, há uma oportunidade de redução de impostos na clínica ou consultório. A alíquota do IRPJ cai de 32% para 8%, já a da CSLL cai de 32% para 12%, representando uma grande economia para o negócio.

Para a realizar a equiparação hospitalar, é indispensável que as clínicas médicas contem com o suporte de especialistas na área de contabilidade médica. Por ser uma operação burocrática, com detalhes técnicos determinantes para o seu sucesso, o conhecimento mais aprofundado faz toda a diferença.

Outra condição essencial para quem busca a equiparação hospitalar é entender a situação fiscal em que a clínica se encontra. O Amigo oferece um diagnóstico tributário totalmente personalizado e gratuito. A ferramenta, que utiliza consultores com experiência em contabilidade médica, é o primeiro passo para conquistar um alinhamento fiscal que possibilite a equiparação. Solicite um diagnóstico tributário e transforme a situação fiscal de sua clínica para melhor.

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Como você está cuidando da sua contabilidade?

Ficar sempre atento evita maiores problemas com a Receita Federal. E por isso, trouxemos algumas expressões mais usadas no dia a dia contábil que podem te ajudar a entender melhor os processos.

Regime Tributário:

Conjunto de leis e normas que regem a tributação e os cálculos dos impostos devidos

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Simples Nacional:

Regime tributário instituído em 2007 para pequenas empresas 

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Certificado Digital:

Ferramenta de segurança da informação que encripta mensagens e garante autenticidade

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Pró-Labore:

Salário mensal do dono ou sócio de uma empresa

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Alíquota:

Porcentagem ou valor fixo usado para calcular um tributo devido

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Guia:

Espécie de "boleto" usado para pagamento de tributos

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Ficou com alguma dúvida? O Amigo tem um time de contadores especializados para lhe auxiliar. [.cta-link]Agende agora uma reunião.[.cta-link]